Orgánmi záujmového združenia právnických osôb SBaA sú:
- 
valné zhromaždenie
 
- 
predsedníctvo
 
- 
predseda
 
- 
komisia odborníkov
 
- 
dozorná rada
 
Valné zhromaždenie všetkých členov SBaA sa koná najmenej 1x ročne.
Predsedníctvo je tvorené v súčasnosti zástupcami členov, ktorými sú všetky univerzity a zástupcami zakladajúcich členov, predsedom a výkonným riaditeľom.  
 
Prvým predsedom a štatutárnym zástupcom Slovenskej batériovej aliancie do júna 2023 bol Ing.
Marián
Smik.
Novou predsedníčkou sa od júna 2023 stala doc. RNDr. Andrea Straková – Fedorková, PhD.
Dozorná rada má 3 členov vrátane svojho predsedu Ing. Gabriela Szaba a schádza sa najmenej 1x ročne.
Združenie podľa potreby vytvára svoje pracovné komisie a pracovné skupiny. O ich zriadení,
zložení, činnosti, cieľoch a úlohách rozhoduje predsedníctvo ako výkonný orgán združenia podľa
stanov združenia. 
Pracovná skupina pre legislatívu a projekty, ktorú vedie JUDr. Svetlana Gavorová, výkonná riaditeľka, zahájila svoju činnosť v roku 2019 a má 
4 členov.
Pracovná skupina pre implementáciu projektu „Rozvoj Slovenskej batériovej aliancie“, ktorú vedie Ing. Marián Smik, predseda združenia, funguje od roku 2020 a má 9 členov. Členovia prac. skupiny využívajú pre svoju komunikáciu aplikáciu SOLVED.
SBaA zároveň pripravuje zriadenie ďalších odborných pracovných skupín.